Giống một số phim hoạt hình thời kì những năm 1930 đến 1960. Tom & Jerry có đặc trưng về nạn phân biệt chủng tộc. Sau một số vụ việc ồn ào như hình ảnh nhân vật da cháy đen, đôi môi lớn, cột tóc xoăn.

Có lẽ tranh cãi nhiều nhất là nhân vật Mammy Two Shoes, nhân vật giúp việc da màu trong phim cũng là người có giọng lồng bởi một người da màu và luôn gặp rắc rối với con chuột. Joseph Barbera là người chịu trách nhiệm cho các cảnh vui trong phim đã lên tiếng nói rằng những cảnh đó không hề có ý phân biệt chủng tộc, họ chỉ nhắm đến vấn đề đang nóng trong xã hội và những cảnh như thế là rất hài hước.

Tuy nhiên đến giờ nhiều người vẫn cho rằng đó là nạn phân biệt chủng tộc và những cảnh nhân vật với gương mặt đen đặc trưng của người da màu bị kiểm duyệt khi chiếu trên truyền hình. Dù vậy ngày 25 tháng 7 năm 2012, một cảnh này vẫn xuất hiện trong tập phim Mouse in Manhattan phát sóng trên Cartoon Network chưa hề bị cắt. Giọng của Mammy Two Shoes cũng được lồng tiếng lại vào những năm 1990 để không có giọng đặc trưng của người da màu mà thay bằng giọng người Ireland.

Một tập phim đặc biệt His Mouse Friday thường được cắt khi chiếu trên truyền hình vì có sự xuất hiện của bộ tộc ăn thịt người. Nếu vẫn chiếu thì thường giọng của bọn ăn thịt người bị cắt bỏ dù miệng vẫn mấp máy.

Đến năm 2011, những tập phim có Mammy Two Shoes thường được cắt bỏ (trừ tập Part Time Pal) khi chiếu trên Cartoon Network và Boomerang.

Năm 2006, kênh Boomerang của Anh Quốc đã chỉnh sửa loạt hoạt hình ngắn này khi công chiếu tại nơi đây, nơi mà cảnh hút thuốc của các nhân vật bị dung túng, tán dương. Bắt nguồn từ việc sau một khiếu nại từ người xem người nghĩ rằng hút thuốc lá là sai và rằng phim hoạt không hợp với trẻ em. Có một cuộc điều tra sau đó của cơ quan giám sát phương tiện truyền thông Anh Ofcom. Nó cũng đưa ra những biện pháp của Mỹ về việc cắt bỏ những cảnh bị cho là phân biệt chủng tộc. Có vẻ là ngẫu nhiên nhưng mấy cảnh kiểu này thường không có trên phim.

Trong năm 2013, có một báo cáo từ Cartoon Network của Brazil kiểm duyệt 27 tập phim ngắn trên các căn cứ của việc "không dính líu về mặt chính trị". Trong một thông cáo chính thức, kênh thể khẳng định rằng kiểm duyệt chỉ có 2 tập ngắn là gán mác dành cho trẻ em 7-11 tuổi.